Появление ошибки
1413 Grouping already has such variant
означает что группировка товара уже производилась. На этот случай в модуле перед началом группироваки товаров отправляется операция разгруппировки и затем только группировка вновь.
Пока ошибка эта не решается, как и другая связанная с ограничением количества вариантов свойств. В техподдержке ВКонтакте сообщили что проблему будут устранены с 1 июня ориентировочно
Действующие ограничения